課程信息
4.0
150 個評分
33 個審閱
專項課程

第 6 門課程(共 8 門)

100% 在線

100% 在線

立即開始,按照自己的計劃學習。
可靈活調整截止日期

可靈活調整截止日期

根據您的日程表重置截止日期。
完成時間(小時)

完成時間大約為16 小時

建議:6 hours/week...
可選語言

英語(English)

字幕:英語(English)

您將獲得的技能

BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
專項課程

第 6 門課程(共 8 門)

100% 在線

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立即開始,按照自己的計劃學習。
可靈活調整截止日期

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完成時間(小時)

完成時間大約為16 小時

建議:6 hours/week...
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字幕:英語(English)

教學大綱 - 您將從這門課程中學到什麼

1
完成時間(小時)
完成時間為 3 小時

Week One

The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses....
Reading
16 個視頻 (總計 126 分鐘), 3 個閱讀材料, 1 個測驗
Video16 個視頻
Installing R on A Mac 2分鐘
Installing R Studio on a Mac 1分鐘
What is Bioconductor7分鐘
Installing Bioconductor3分鐘
The Bioconductor Website9分鐘
Useful Online Resources5分鐘
R Base Types18分鐘
GRanges - Overview4分鐘
IRanges - Basic Usage12分鐘
GenomicRanges - GRanges8分鐘
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8分鐘
GenomicRanges - seqinfo6分鐘
AnnotationHub8分鐘
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112分鐘
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213分鐘
Reading3 個閱讀材料
Welcome10分鐘
Syllabus10分鐘
Pre Course Survey10分鐘
Quiz1 個練習
Quiz 120分鐘
2
完成時間(小時)
完成時間為 2 小時

Week Two

In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads....
Reading
8 個視頻 (總計 81 分鐘), 1 個測驗
Video8 個視頻
Biostrings7分鐘
BSgenome6分鐘
Biostrings - Matching6分鐘
BSgenome - Views9分鐘
GenomicRanges - Rle12分鐘
GenomicRanges - Lists6分鐘
GenomicFeatures18分鐘
rtracklayer - Data Import14分鐘
Quiz1 個練習
Quiz 220分鐘
3
完成時間(小時)
完成時間為 2 小時

Week Three

In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4....
Reading
9 個視頻 (總計 79 分鐘), 1 個測驗
Video9 個視頻
Annotation Overview4分鐘
ExpressionSet Overview4分鐘
ExpressionSet9分鐘
SummarizedExperiment7分鐘
GEOquery6分鐘
biomaRt13分鐘
R S4 Classes16分鐘
R S4 Methods10分鐘
Quiz1 個練習
Quiz 320分鐘
4
完成時間(小時)
完成時間為 2 小時

Week Four

In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi...
Reading
7 個視頻 (總計 81 分鐘), 1 個閱讀材料, 1 個測驗
Video7 個視頻
Short Read4分鐘
Rsamtools12分鐘
oligo14分鐘
limma16分鐘
minfi11分鐘
Count-based RNA-seq analysis15分鐘
Reading1 個閱讀材料
Post Course Survey10分鐘
Quiz1 個練習
Quiz 420分鐘
4.0
33 個審閱Chevron Right

熱門審閱

創建者 MAMar 12th 2016

Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.

創建者 ABApr 12th 2018

Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.

講師

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Kasper Daniel Hansen, PhD

Assistant Professor, Biostatistics and Genetic Medicine
Bloomberg School of Public Health

關於 约翰霍普金斯大学

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

關於 基因组数据科学 專項課程

This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit....
基因组数据科学

常見問題

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