Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
提供方
基因组数据科学 專項課程约翰霍普金斯大学課程信息
27,919 次近期查看
學生職業成果
50%
完成這些課程後已開始新的職業生涯
43%
通過此課程獲得實實在在的工作福利
20%
加薪或升職
可分享的證書
完成後獲得證書
100% 在線
立即開始，按照自己的計劃學習。
第 5 門課程（共 8 門）
可靈活調整截止日期
根據您的日程表重置截止日期。
完成時間大約為12 小時
英語（English）
字幕：法語（French）, 巴西葡萄牙語, 俄語（Russian）, 英語（English）, 西班牙語（Spanish）
您將獲得的技能
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
學生職業成果
50%
完成這些課程後已開始新的職業生涯
43%
通過此課程獲得實實在在的工作福利
20%
加薪或升職
可分享的證書
完成後獲得證書
100% 在線
立即開始，按照自己的計劃學習。
第 5 門課程（共 8 門）
可靈活調整截止日期
根據您的日程表重置截止日期。
完成時間大約為12 小時
英語（English）
字幕：法語（French）, 巴西葡萄牙語, 俄語（Russian）, 英語（English）, 西班牙語（Spanish）
提供方
约翰霍普金斯大学
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
教學大綱 - 您將從這門課程中學到什麼
完成時間為 4 小時
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
完成時間為 4 小時
12 個視頻 （總計 105 分鐘）, 5 個閱讀材料, 2 個測驗
12 個視頻
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7分鐘
Basic Unix Commands 3: File Naming4分鐘
Basic Unix Commands 4: Content Creation9分鐘
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6分鐘
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4分鐘
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6分鐘
Basic Unix Commands 8: Querying Content15分鐘
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11分鐘
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13分鐘
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13分鐘
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9分鐘
5 個閱讀材料
Welcome Message10分鐘
Syllabus10分鐘
VMBox Download & Instructions10分鐘
Pre-Course Survey10分鐘
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10分鐘
2 個練習
Module 1 Quiz30分鐘
Module 1 Exam30分鐘
完成時間為 3 小時
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
完成時間為 3 小時
11 個視頻 （總計 127 分鐘）, 1 個閱讀材料, 2 個測驗
11 個視頻
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11分鐘
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14分鐘
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13分鐘
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9分鐘
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12分鐘
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5分鐘
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11分鐘
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9分鐘
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15分鐘
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15分鐘
1 個閱讀材料
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10分鐘
2 個練習
Module 2 Quiz30分鐘
Module 2 Exam30分鐘
完成時間為 2 小時
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
完成時間為 2 小時
8 個視頻 （總計 55 分鐘）, 1 個閱讀材料, 2 個測驗
8 個視頻
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5分鐘
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11分鐘
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9分鐘
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4分鐘
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6分鐘
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8分鐘
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5分鐘
1 個閱讀材料
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10分鐘
2 個練習
Module 3 Quiz30分鐘
Module 3 Exam30分鐘
完成時間為 3 小時
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
完成時間為 3 小時
8 個視頻 （總計 75 分鐘）, 2 個閱讀材料, 2 個測驗
8 個視頻
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7分鐘
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9分鐘
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8分鐘
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10分鐘
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16分鐘
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8分鐘
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6分鐘
2 個閱讀材料
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10分鐘
Post-Course Survey10分鐘
2 個練習
Module 4 Quiz30分鐘
Module 4 Exam30分鐘
審閱
來自用于基因组数据科学的命令行工具的熱門評論
由 CW 提供2020年8月5日
There were some typos and confusion about the need not to follow the example code for Exam 4. However, I thought that the course was good and useful overall.\n\nThank You!
由 SC 提供2016年10月17日
Th lecturer could be a little more engaging and the materials used during classes, if made available would help following it better, by replicating the examples being shown.
由 LS 提供2020年4月23日
Some explanations are4 not completely clear. A good summary of what every tools does and of which rools should be used to tackle which situation would really beneficial
由 AD 提供2018年8月26日
Very informative course. Only downside is that the example datasets/scripts are not provided (which I tend to find to be useful for learning informatics).
關於 基因组数据科学 專項課程
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
常見問題
我什么时候能够访问课程视频和作业？
讲座和作业的访问权限取决于您的注册类型。如果您以旁听模式参加课程，则可以免费查看大多数课程资料。要访问评分作业并获得证书，您需要在旁听期间或之后购买证书体验。如果看不到旁听选项：
- 课程可能不提供旁听选项。您可以尝试免费试用，也可以申请助学金。
- 课程可能会改为提供'完整课程，没有证书'。通过此选项，您可以查看所有课程材料、提交所要求的作业，以及获得最终成绩。这也意味着您将无法购买证书体验。
我订阅此专项课程后会得到什么？
您注册课程后，将有权访问专项课程中的所有课程，并且会在完成课程后获得证书。您的电子课程证书将添加到您的成就页中，您可以通过该页打印您的课程证书或将其添加到您的领英档案中。如果您只想阅读和查看课程内容，可以免费旁听课程。
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是的，Coursera 可以为无法承担费用的学生提供助学金。通过点击左侧“注册”按钮下的“助学金”链接可以申请助学金。您可以根据屏幕提示完成申请，申请获批后会收到通知。您需要针对专项课程中的每一门课程完成上述步骤，包括毕业项目。了解更多。
完成课程后，我会获得大学学分吗？
此课程不提供大学学分，但部分大学可能会选择接受课程证书作为学分。查看您的合作院校，了解详情。Coursera 上的在线学位和 Mastertrack™ 证书提供获得大学学分的机会。
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