We will learn computational methods -- algorithms and data structures -- for analyzing DNA sequencing data. We will learn a little about DNA, genomics, and how DNA sequencing is used. We will use Python to implement key algorithms and data structures and to analyze real genomes and DNA sequencing datasets.
提供方
约翰霍普金斯大学課程信息
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可靈活調整截止日期
根據您的日程表重置截止日期。
可分享的證書
完成後獲得證書
100% 在線
立即開始，按照自己的計劃學習。
完成時間大約為12 小時
英語（English）
字幕：阿拉伯語（Arabic）, 法語（French）, （歐洲人講的）葡萄牙語, 意大利語, 越南語, 德語（German）, 俄語（Russian）, 英語（English）, 西班牙語（Spanish）
您將獲得的技能
- Bioinformatics Algorithms
- Algorithms
- Python Programming
- Algorithms On Strings
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提供方
约翰霍普金斯大学
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
授課大綱 - 您將從這門課程中學到什麼
完成時間為 4 小時
DNA sequencing, strings and matching
This module we begin our exploration of algorithms for analyzing DNA sequencing data. We'll discuss DNA sequencing technology, its past and present, and how it works.
完成時間為 4 小時
19 個視頻 （總計 112 分鐘）, 7 個閱讀材料, 2 個測驗
完成時間為 3 小時
Preprocessing, indexing and approximate matching
In this module, we learn useful and flexible new algorithms for solving the exact and approximate matching problems. We'll start by learning Boyer-Moore, a fast and very widely used algorithm for exact matching
完成時間為 3 小時
15 個視頻 （總計 114 分鐘）, 1 個閱讀材料, 2 個測驗
完成時間為 3 小時
Edit distance, assembly, overlaps
This week we finish our discussion of read alignment by learning about algorithms that solve both the edit distance problem and related biosequence analysis problems, like global and local alignment.
完成時間為 3 小時
13 個視頻 （總計 92 分鐘）, 1 個閱讀材料, 2 個測驗
完成時間為 3 小時
Algorithms for assembly
In the last module we began our discussion of the assembly problem and we saw a couple basic principles behind it. In this module, we'll learn a few ways to solve the alignment problem.
完成時間為 3 小時
13 個視頻 （總計 83 分鐘）, 1 個閱讀材料, 2 個測驗
審閱
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來自DNA测序算法的熱門評論
由 AK 提供2018年2月6日
This is by far the hardest and most organized. My coding skills have improved greatly. The codes are explained very well. I definitely recommend it!
由 VK 提供2017年8月7日
This course provided me a very quick overview of all the core concepts pertaining to DNA sequencing. It is very well organized, crystal clear demonstration of concepts and I really enjoyed the course.
由 NF 提供2021年3月9日
very engaging and well-presented course material. intermediate difficulty while conveying the basics of how even recent real-world genome alignment and assembly tools work. great course design!
由 MD 提供2016年11月9日
This was really fun. Really enjoyed the a-ha of the algorithms and the fun of solving the alignment and assembly problems. Feel mildly powerful after assembling a virus genome.
常見問題
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