[МУЗЫКА]
Платформа MiSeq является одной
из секвенирующих платформ компании Illumina.
Она позволяет прочитывать относительно небольшие геномы.
Принцип секвенирования заключается в следующем: вот проточная ячейка.
Подготовленная ДНК библиотеки гибридизуется в проточной ячейке.
Далее происходит амплификация единичных клонов ДНК, формируются так называемые
кластеры, которые в дальнейшем усиливают флуоресцентный сигнал при секвенировании.
В проточную ячейку последовательно подаются меченые нуклеотид-трифосфаты.
В случае если нуклеотид-трифосфат включается в синтезирующуюся цепь ДНК,
происходит флуоресцентное свечение.
Если нуклеотид-трифосфат не включается, то флуоресцентного свечения нет.
Флуоресцентное свечение детектируют камеры секвенатора, и далее программное
обеспечение обрабатывает и переводит полученные данные в файлы формата fastq,
где мы можем увидеть нуклеотидную последовательность тех достаточно коротких
фрагментов ДНК, которые мы подготовили при пробоподготовке наших библиотек.
Данный секвенатор способен делать прочтение
300 пар нуклеотидов с одной и с другой стороны.
Таким образом, мы получаем парные риды по 300 нуклеотидов с каждой стороны,
и общий аутпут секвенатора — порядка 15 гигабас.
Сама реакция секвенирования проходит в течение двух суток.
Для того чтобы осуществить sequence,
нам необходимо сначала денатурировать нашу пробу ДНК, ДНК-библиотек,
и далее развести ее в специальном буфере для секвенирования.
Вот он находится у нас здесь.
Далее, мы берем реактивы для секвенирования.
Вот это картридж.
Сюда необходимо вносить пробу для секвенирования ДНК-библиотек,
вот в эту лунку.
Остальные лунки мы не трогаем.
Из остальных лунок реактивы будет брать непосредственно сам секвенатор.
Для того чтобы секвенировать,
нам нужно установить проточную ячейку в специальный отсек.
Закрывается.
Реактивы для секвенирования устанавливаются в другой отсек.
Картридж мы устанавливаем в специальный холодильник здесь.
Буфер, который используется для промывки,
устанавливается в этот отсек.
Вот давайте поставим его.
Здесь также стоит еще специальная емкость, которая используется
в качестве слива, то есть ненужные реактивы сюда выливаются.
Прежде чем начинать секвенирование, необходимо создать файл,
который будет содержать информацию об образце, который мы секвенируем,
и способе его подготовки — подготовки ДНК-библиотек.
После того как мы сделали запуск секвенатора,
мы будем ждать результат этого секвенирования.
По ходу реакции мы увидим, насколько успешно проходит секвенирование.
Это будет отображено на экране.
А далее уже мы сможем обрабатывать полученные данные.
[МУЗЫКА]
