[МУЗЫКА] Платформа MiSeq является одной из секвенирующих платформ компании Illumina. Она позволяет прочитывать относительно небольшие геномы. Принцип секвенирования заключается в следующем: вот проточная ячейка. Подготовленная ДНК библиотеки гибридизуется в проточной ячейке. Далее происходит амплификация единичных клонов ДНК, формируются так называемые кластеры, которые в дальнейшем усиливают флуоресцентный сигнал при секвенировании. В проточную ячейку последовательно подаются меченые нуклеотид-трифосфаты. В случае если нуклеотид-трифосфат включается в синтезирующуюся цепь ДНК, происходит флуоресцентное свечение. Если нуклеотид-трифосфат не включается, то флуоресцентного свечения нет. Флуоресцентное свечение детектируют камеры секвенатора, и далее программное обеспечение обрабатывает и переводит полученные данные в файлы формата fastq, где мы можем увидеть нуклеотидную последовательность тех достаточно коротких фрагментов ДНК, которые мы подготовили при пробоподготовке наших библиотек. Данный секвенатор способен делать прочтение 300 пар нуклеотидов с одной и с другой стороны. Таким образом, мы получаем парные риды по 300 нуклеотидов с каждой стороны, и общий аутпут секвенатора — порядка 15 гигабас. Сама реакция секвенирования проходит в течение двух суток. Для того чтобы осуществить sequence, нам необходимо сначала денатурировать нашу пробу ДНК, ДНК-библиотек, и далее развести ее в специальном буфере для секвенирования. Вот он находится у нас здесь. Далее, мы берем реактивы для секвенирования. Вот это картридж. Сюда необходимо вносить пробу для секвенирования ДНК-библиотек, вот в эту лунку. Остальные лунки мы не трогаем. Из остальных лунок реактивы будет брать непосредственно сам секвенатор. Для того чтобы секвенировать, нам нужно установить проточную ячейку в специальный отсек. Закрывается. Реактивы для секвенирования устанавливаются в другой отсек. Картридж мы устанавливаем в специальный холодильник здесь. Буфер, который используется для промывки, устанавливается в этот отсек. Вот давайте поставим его. Здесь также стоит еще специальная емкость, которая используется в качестве слива, то есть ненужные реактивы сюда выливаются. Прежде чем начинать секвенирование, необходимо создать файл, который будет содержать информацию об образце, который мы секвенируем, и способе его подготовки — подготовки ДНК-библиотек. После того как мы сделали запуск секвенатора, мы будем ждать результат этого секвенирования. По ходу реакции мы увидим, насколько успешно проходит секвенирование. Это будет отображено на экране. А далее уже мы сможем обрабатывать полученные данные. [МУЗЫКА]
