課程信息
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100% 在線

立即開始,按照自己的計劃學習。

可靈活調整截止日期

根據您的日程表重置截止日期。

完成時間大約為19 小時

建議:3 weeks of study, 1-3 hours/week...

英語(English)

字幕:英語(English)

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教學大綱 - 您將從這門課程中學到什麼

1
完成時間為 3 小時

From sampling to sequencing

10 個視頻 (總計 112 分鐘), 13 個閱讀材料, 2 個測驗
10 個視頻
Welcome14分鐘
Introduction to metagenomics10分鐘
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10分鐘
Introduction to antimicrobial resistance11分鐘
Sampling for surveillance18分鐘
Sampling at farms and slaughterhouses14分鐘
Sample storage2分鐘
Isolation of DNA from complex samples10分鐘
Sample processing for viral metagenomics7分鐘
Sequencing platforms12分鐘
13 個閱讀材料
Glossary20分鐘
Get started !5分鐘
Introduction to metagenomics2分鐘
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2分鐘
Introduction to antimicrobial resistance2分鐘
Sampling for surveillance5分鐘
Sampling at farms and slaughterhouses2分鐘
Sample storage2分鐘
Isolation of DNA from complex samples2分鐘
Notes on library preparation5分鐘
Sequencing platforms10分鐘
Assessment case-study - part 15分鐘
Assessment case study - part 22分鐘
2 個練習
Module 1 assessment - part 18分鐘
Module 1 assessment - part 212分鐘
2
完成時間為 3 小時

FROM READS TO RESULTS

6 個視頻 (總計 64 分鐘), 11 個閱讀材料, 1 個測驗
6 個視頻
Overview of available metagenomic analysis tools7分鐘
MGmapper13分鐘
ResFinder database5分鐘
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16分鐘
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14分鐘
11 個閱讀材料
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5分鐘
Overview of available metagenomic analysis tools10分鐘
MGmapper10分鐘
MGmapper - Best mode vs Full mode10分鐘
ResFinder database3分鐘
Assessment case-study - part 310分鐘
Samples sheet10分鐘
Report A - FastQC results10分鐘
Report B - MGmapper results10分鐘
Report C - KRAKEN results10分鐘
Report D10分鐘
1 個練習
Module 2 assessment24分鐘
3
完成時間為 8 小時

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

6 個視頻 (總計 81 分鐘), 16 個閱讀材料, 6 個測驗
6 個視頻
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15分鐘
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10分鐘
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16分鐘
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21分鐘
Farewell3分鐘
16 個閱讀材料
Virtual Machine setup1小時
Analysis and visualization of read count data10分鐘
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10分鐘
Application of metagenomics in surveillance - methods10分鐘
Potential of metagenomics for surveillance10分鐘
Challenges of metagenomics for surveillance10分鐘
Assessment case-study - part 45分鐘
Report D10分鐘
Epidemiology sheet and Report E10分鐘
Introduction5分鐘
Final quiz - section I - Sampling10分鐘
Final quiz - section II - Quality control30分鐘
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30分鐘
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10分鐘
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10分鐘
Extra material for final assessment10分鐘
6 個練習
Module 3 assessment10分鐘
Final quiz - section I - Sampling18分鐘
Final quiz - section II - Quality control30分鐘
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30分鐘
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30分鐘
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30分鐘
4.7
12 個審閱Chevron Right

67%

完成這些課程後已開始新的職業生涯

60%

通過此課程獲得實實在在的工作福利

25%

加薪或升職

來自Metagenomics applied to surveillance of pathogens and antimicrobial resistance的熱門評論

創建者 MDMay 31st 2019

I learned a lot, they covered complex analysis topics in a clear, understandable way. I would recommend this course to anyone interested in microbial metagenomic analysis.

講師

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Ana Sofia Ribeiro Duarte

Assistant Professor
National Food Institute
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Sünje Johanna Pamp

Associate Professor
Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark
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Liese Van Gompel

PhD Candidate Epidemiology
Utrecht University, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS)
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Pimlapas Leekitcharoenphon

PostDoc
Research Group for Genomic Epidemiology, DTU Food

關於 丹麦技术大学

DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods....

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