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100% 在線
立即開始,按照自己的計劃學習。
可靈活調整截止日期
根據您的日程表重置截止日期。
中級

This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

完成時間大約為14 小時
英語(English)

您將學到的內容有

  • Learn how to assemble a bacterial genome

  • Learn how to annotate a bacterial genome

  • Learn how to generate a phylogenetic tree from a set of bacterial genomes

  • Learn how to perform basic comparative analyses of a set of bacterial genomes

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立即開始,按照自己的計劃學習。
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This class is geared towards biologists, bacteriologists, and bioinformaticians with a basic knowledge of comparative genomics.

完成時間大約為14 小時
英語(English)

提供方

Placeholder

弗吉尼亚大学

教學大綱 - 您將從這門課程中學到什麼

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完成時間為 1 小時

Introduction

完成時間為 1 小時
7 個視頻 (總計 42 分鐘)
7 個視頻
History of PATRIC and the BRC program3分鐘
PATRIC overview - tabs and information16分鐘
Registering and logging on to PATRIC2分鐘
PATRIC workspace-Create Shared Workspace6分鐘
Sharing a genome with other PATRIC users4分鐘
Copying a genome annotation job to a shared workspace3分鐘
1 個練習
PATRIC overview, login, and workspace sharing30分鐘
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完成時間為 1 小時

Assembly

完成時間為 1 小時
7 個視頻 (總計 49 分鐘)
7 個視頻
Uploading read files to the workspace for assembly11分鐘
Submitting reads to the Genome Assembly Service8分鐘
Selecting assembly strategies and submitting the assembly job8分鐘
Monitoring the assembly job and reviewing job results7分鐘
Genome coverage in Genome Report2分鐘
Assembly questions and getting help with problems4分鐘
1 個練習
Review of genome assembly30分鐘
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完成時間為 2 小時

Annotation

完成時間為 2 小時
7 個視頻 (總計 77 分鐘)
7 個視頻
Uploading contig files to the PATRIC workspace12分鐘
Submitting a job to the PATRIC Genome Annotation Service7分鐘
Reviewing the resulting Genome Report19分鐘
Downloading the generated files 11分鐘
Viewing your annotated genome in PATRIC15分鐘
Finding help or reporting problems with the service5分鐘
1 個練習
Review of genome annotation30分鐘
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完成時間為 2 小時

Comprehensive Genome Analysis

完成時間為 2 小時
10 個視頻 (總計 101 分鐘)
10 個視頻
Submitting a job using reads16分鐘
Submitting contigs8分鐘
Full Genome Report13分鐘
Job Results11分鐘
Assembly results11分鐘
Annotation results12分鐘
Viewing annotated genome12分鐘
Finding help and citing5分鐘
Hybrid Assembly Summary8分鐘
1 個練習
Review of the Comprehensive Genome Analysis Service30分鐘

常見問題

還有其他問題嗎?請訪問 學生幫助中心