關於此課程：Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе. The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.
製作方： Saint Petersburg State University
教學方： Alla L Lapidus, Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology教學方： Николай Вяххи
教學方： Павел Добрынин, Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского教學方： Михаил Райко, Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского教學方： Екатерина Черняева, Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
| 級別 | 初級 |
| 語言 | Russian |
| 如何通過 | 通過所有計分作業以完成課程。 |
| 用戶評分 |
授課大綱
第 1 週
Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)
Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from.
8 個視頻
- 視頻: Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)
- 視頻: Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)
- 視頻: Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)
- 視頻: Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)
- 視頻: Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)
- 視頻: Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)
- 視頻: Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)
已評分: Тест 1 (Quiz 1)
第 2 週
Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)
Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS.
4 個視頻
- 視頻: Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)
- 視頻: 454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina
- 視頻: Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore
已評分: Тест 2 (Quiz 2)
第 3 週
Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)
На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system.
6 個視頻
- 視頻: Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)
- 視頻: Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)
- 視頻: Пример - часть 1 (Case Study - part 1)
- 視頻: Пример - часть 2 (Case Study - part 2)
- 視頻: Введение в Linux (Introduction to Linux)
已評分: Тест 3 (Quiz 3)
第 4 週
Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)
Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!
7 個視頻
- 視頻: Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)
- 視頻: Алгоритмы (Algorithms)
- 視頻: Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)
- 視頻: Overlap Layout Concensus
- 視頻: Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)
- 視頻: Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)
已評分: Тест 4 (Quiz 4)
第 5 週
Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)
Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для работы со строками. <br>Fifth week of our course is devoted to short read alignment to the reference genome, which is used when we work with the already studied organisms. In lectures we will talk about the most popular software for solving such problems, as well as basic algorithms for working with strings.
8 個視頻
- 視頻: Построение индекса (Building index)
- 視頻: Выравнивание с помощью Bowtie (Bowtie Alignment)
- 視頻: Форматы SAM, BAM. Сортировка. (SAM, BAM Alignment Format. Sorting.)
- 視頻: Поиск вариантов (Variant Calling)
- 視頻: Строковые алгоритмы. Хэш-функция. (String Algorithms. Hash.)
- 視頻: Поиск подстроки с ошибками (String Searching with Errors)
- 視頻: Суффиксные деревья (Suffix Trees)
已評分: Тест 5 (Quiz 5)
第 6 週
Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)
В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.<br>
In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences.
4 個視頻
- 視頻: Скрытые марковские модели (Hidden Markov Models)
- 視頻: Аннотация генов в бактериальном геноме (Bacterial Genome Annotation)
- 視頻: Анализ вариантов (Variant Analysis)
已評分: Тест 6 (Quiz 6)
第 7 週
Геномный проект (Genome Project)
В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году. <br>In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacterial genome, interpret the results and find the cause of the terrible epidemic in Europe in 2011.
5 個項目
- Cuadro de aviso de la discusión: Впечатления о курсе
已評分: Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)
已評分: Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)
已評分: Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)
已評分: Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)
常見問題解答
運作方式
Trabajo del curso
Cada curso es como un libro de texto interactivo, con videos pregrabados, cuestionarios y proyectos.
Ayuda de tus compañeros
Conéctate con miles de estudiantes y debate ideas y materiales del curso, y obtén ayuda para dominar los conceptos.
Certificados
Obtén reconocimiento oficial por tu trabajo y comparte tu éxito con amigos, compañeros y empleadores.
製作方
Saint Petersburg State University
The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 30 000 students in SPbU studying 398 programmes
價格
| 購買課程 | |
|---|---|
| 訪問課程材料 | 可用 |
| 訪問評分的材料 | 可用 |
| 收到最終成績 | 可用 |
| 獲得可共享的課程證書 | 可用 |
評分和審閱
Превосходный курс. Даёт возможность понять, что делать, "куда идти", какие навыки приобретать, на что обращать внимание и чему учиться.
I learnt a lot from this course! All lecturers are great and they explain difficult themes very well for the beginners but also offer interesting questions for advanced audience. I enjoyed the deceptive ease of DNA purification (I did it at my work too), comparison of sequencing technologies, and all algorithms and software described. I found all classes very helpful and would like to thank staff for this great, interesting and inspiriting lessons!
SC
It would be interesting if you add animated videos explaining the most difficult concepts, methods or principles, to facilitate the learner experience.
For example, I used this video to easily understand the Sanger method (https://www.youtube.com/watch?v=3M0PyxFPwkQ&t=91s)