Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе.
The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.
教學大綱 - 您將從這門課程中學到什麼
週
1完成時間為 1 小時
Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)
Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from.
8 個視頻 （總計 61 分鐘）, 1 個測驗
8 個視頻
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3分鐘
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6分鐘
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6分鐘
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13分鐘
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7分鐘
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13分鐘
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3分鐘
1 個練習
Тест 1 (Quiz 1)20分鐘
週
2完成時間為 1 小時
Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)
Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS.
4 個視頻 （總計 41 分鐘）, 1 個測驗
4 個視頻
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7分鐘
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14分鐘
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9分鐘
1 個練習
Тест 2 (Quiz 2)20分鐘
週
3完成時間為 1 小時
Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)
На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system.
6 個視頻 （總計 50 分鐘）, 1 個測驗
6 個視頻
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4分鐘
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10分鐘
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9分鐘
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8分鐘
Введение в Linux (Introduction to Linux)13分鐘
1 個練習
Тест 3 (Quiz 3)20分鐘
週
4完成時間為 2 小時
Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)
Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!
7 個視頻 （總計 72 分鐘）, 1 個測驗
7 個視頻
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15分鐘
Алгоритмы (Algorithms)6分鐘
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9分鐘
Overlap Layout Concensus9分鐘
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8分鐘
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10分鐘
1 個練習
Тест 4 (Quiz 4)20分鐘
週
5完成時間為 2 小時
Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)
Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для работы со строками. <br>Fifth week of our course is devoted to short read alignment to the reference genome, which is used when we work with the already studied organisms. In lectures we will talk about the most popular software for solving such problems, as well as basic algorithms for working with strings.
8 個視頻 （總計 84 分鐘）, 1 個測驗
8 個視頻
Построение индекса (Building index)10分鐘
Выравнивание с помощью Bowtie (Bowtie Alignment)8分鐘
Форматы SAM, BAM. Сортировка. (SAM, BAM Alignment Format. Sorting.)15分鐘
Поиск вариантов (Variant Calling)13分鐘
Строковые алгоритмы. Хэш-функция. (String Algorithms. Hash.)8分鐘
Поиск подстроки с ошибками (String Searching with Errors)3分鐘
Суффиксные деревья (Suffix Trees)13分鐘
1 個練習
Тест 5 (Quiz 5)20分鐘
週
6完成時間為 1 小時
Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)
В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.<br>
In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences.
4 個視頻 （總計 59 分鐘）, 1 個測驗
4 個視頻
Скрытые марковские модели (Hidden Markov Models)11分鐘
Аннотация генов в бактериальном геноме (Bacterial Genome Annotation)22分鐘
Анализ вариантов (Variant Analysis)17分鐘
1 個練習
Тест 6 (Quiz 6)20分鐘
週
7完成時間為 1 小時
Геномный проект (Genome Project)
В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году. <br>In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacterial genome, interpret the results and find the cause of the terrible epidemic in Europe in 2011.
4 個測驗
4 個練習
Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)10分鐘
Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)10分鐘
Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)10分鐘
Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)8分鐘
講師
Alla L Lapidus
Professor, Department of Cytology and HistologyCentre For Algorithmic Biotechnology
Павел Добрынин
Младший научный сотрудникЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Михаил Райко
ПостдокЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Екатерина Черняева
ПостдокЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
關於 圣彼得堡国立大学
Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России.
В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности.
Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ.
St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University.
常見問題
我什么时候能够访问课程视频和作业？
注册以便获得证书后，您将有权访问所有视频、测验和编程作业（如果适用）。只有在您的班次开课之后，才可以提交和审阅同学互评作业。如果您选择在不购买的情况下浏览课程，可能无法访问某些作业。
我购买证书后会得到什么？
您购买证书后，将有权访问所有课程材料，包括评分作业。完成课程后，您的电子课程证书将添加到您的成就页中，您可以通过该页打印您的课程证书或将其添加到您的领英档案中。如果您只想阅读和查看课程内容，可以免费旁听课程。
退款政策是如何规定的？
有助学金吗？
還有其他問題嗎？請訪問 學生幫助中心。
