課程信息
3,348 次近期查看

100% 在線

立即開始,按照自己的計劃學習。

可靈活調整截止日期

根據您的日程表重置截止日期。

初級

完成時間大約為12 小時

建議:6 недель, 3-8 часов в неделю...

俄語(Russian)

字幕:俄語(Russian)

100% 在線

立即開始,按照自己的計劃學習。

可靈活調整截止日期

根據您的日程表重置截止日期。

初級

完成時間大約為12 小時

建議:6 недель, 3-8 часов в неделю...

俄語(Russian)

字幕:俄語(Russian)

教學大綱 - 您將從這門課程中學到什麼

1
完成時間為 1 小時

Week 1 - Introduction (Введение)

The first week of our course will be dedicated to an overview of metagenomics. You will learn what metagenomics studies are and why this field of study has gained popularity in the current times. You will get acquainted with the basic approaches of metagenomic bioinformatics and with the specificity of the metagenomic analytical approaches used for the analysis of natural microbial communities. Первая неделя нашего курса знакомит с метагеномикой. Вы узнаете что изучает метагеномика и почему она возникла в наши дни. Вы познакомитесь с основными подходами метагеномной биоинформатики и особенностями аналитических подходов, применяемых для анализа природных микробных сообществ.

...
6 個視頻 (總計 33 分鐘)
6 個視頻
«Microbes run the World» (Микробы правят миром)3分鐘
«Applications of Bioinformatics» (Биоинформатические приложения)8分鐘
«Analytical Approaches» (Аналитические подходы)3分鐘
«Metagenomic Project» (Метагеномный проект)8分鐘
«Assembly of Metagenomes» (Сборка метагеномов)6分鐘
2
完成時間為 1 小時

Week 2 - Experimental Data (Экспериментальные данные)

Welcome to the second week of our course! This week is dedicated to experimental metagenomic data. We start with metagenomic DNA (mDNA) isolation and go on to sequencing and analysis to understand what is so special about this type of data. <br> Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя посвящена экспериментальным метагеномным данным. Мы пройдем от выделения метагеномной ДНК (мДНК) к ее секвенированию и анализу и поймем чем вызваны особенности этих данных и способов их получения.

...
7 個視頻 (總計 46 分鐘), 1 個測驗
7 個視頻
Metagenomic Approaches (Метагеномные подходы)5分鐘
Sequencing Approaches (Подходы к секвенированию)7分鐘
Analytical Pipelines (Аналитические подходы)5分鐘
Target Sequencing (Таргетное секвенирование)6分鐘
Sequencing Platforms (Сиквенсные платформы)8分鐘
Bioinformatics Algorithms: Genome as a String (Биоинформатические алгоритмы: геном как строка)7分鐘
1 個練習
Тест 1.20分鐘
3
完成時間為 1 小時

Week 3 - Analytical Approaches: 16s analysis (Аналитические подходы: анализ 16S)

This week we are going to explain how the analysis of the 16S rRNA gene sequences helps evaluate microbial diversity in metagenomic communities. You will learn about the databases that store already existing 16S sequences, and will be introduced to the analytical program QIIME, which will help you when you transition to working on metagenomic projects using real data. На этой неделе мы познакомим вас с тем, как анализ последовательностей генов 16S рРНК позволяет оценить микробное разнообразие метагеномных проб. Расскажем о базах данных, которые хранят накопленную уже информацию о 16S сиквенсах и представим аналитическую программу QIIME, которая будет вам весьма полезна в вашей работе с реальными данными метагеномных проектов.

...
4 個視頻 (總計 41 分鐘), 1 個測驗
4 個視頻
16S (16S рРНК)6分鐘
16S Databases (Базы данных 16S)6分鐘
Data Analysis in QIIME (Aнализ данных с помощью QIIME)18分鐘
1 個練習
Тест 220分鐘
4
完成時間為 1 小時

Week 4 - Analytical Approaches: Binning (Аналитические подходы: биннинг)

Welcome to the fourth week of the course. It will be devoted to binning. Don’t know what that is? Then you will be even more interested to discover what the basis of this analytical approach is and how it helps simplify the analysis of very complex metagenomic data. Stay with us! Добро пожаловать на четвертую неделю курса. Она будет посвящена биннингу. Вы не знаете что это такое? Тогда вам тем более будет интересно узнать на чем основан этот аналитический подход и как он помогает упростить задачу анализа очень сложных метагеномных данных. Оставайтесь с нами!

...
5 個視頻 (總計 43 分鐘), 1 個測驗
5 個視頻
MyCC Binning Tool (Программа MyCC)8分鐘
Binning Algorithms (Алгоритмы биннинга)10分鐘
Supervised and Unsupervised Binning (Контролируемый и Неконтролируемый Биннинг)8分鐘
Clustering (Кластеризация)7分鐘
1 個練習
Тест 310分鐘
4.9
1 個審閱Chevron Right

來自Введение в Биоинформатику: Метагеномика (Introduction to Bioinformatics: Metagenomics)的熱門評論

創建者 MGJul 9th 2018

Курс оказался крайне полезен для меня в качестве "точки входа" в метагеномную составляющую биоинформатики. Также очень порадовало понятное объяснение использования k-меров.

講師

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

關於 圣彼得堡国立大学

Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России. В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности. Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ. St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University....

常見問題

  • 注册以便获得证书后,您将有权访问所有视频、测验和编程作业(如果适用)。只有在您的班次开课之后,才可以提交和审阅同学互评作业。如果您选择在不购买的情况下浏览课程,可能无法访问某些作业。

  • 您购买证书后,将有权访问所有课程材料,包括评分作业。完成课程后,您的电子课程证书将添加到您的成就页中,您可以通过该页打印您的课程证书或将其添加到您的领英档案中。如果您只想阅读和查看课程内容,可以免费旁听课程。

還有其他問題嗎?請訪問 學生幫助中心